Xử lý nước thải trong sản xuất cồn sắn, tinh bột và tinh bột biến tính bằng công nghệ sinh học, nước thải không cần chỉnh độ PH bằng nguyên liệu công nghiệp hoá chất, trực tiếp đi vào hệ thống xử lý yếm khí sinh học, do vi sinh vật tự điều tiết, khí methane thu hồi làm nhiên liệu đun lò cao hoặc phát điện. nước thải qua xử lý đạt tiêu chuẩn tháo thải và sử dụng tuần hoàn, đất bùn có thể làm phân hữu cơ đem bán.