Cột điện tử và cột ion hội tụ được thiết kế trực giao để có được cấu trúc tối ưu nhất trong phân tích cấu trúc 3D. Sự kết hợp giữa nguồn phát xạ trường lạnh cường độ sáng cao với hệ quang học có độ nhạy cao hỗ trợ quá trình phân tích hiệu quả các loại mẫu đa dạng từ vật liệu từ tính đến mô sinh học.

 Hệ thống tạo mẫu vi sai và hệ thống ba chùm tia cho phép thực hiện quá trình chuẩn bị mẫu chất lượng cao, phục vụ các kỹ thuật quan sát TEM và đầu dò nguyên tử.

 Ăn mòn bằng ion và quan sát theo thời gian thực

Cột điện tử và cột ion được thiết kết trực giao để hiện thực hóa khả năng quan sát SEM theo quá trình ăn mòn tạo mặt cắt của chùm ion.

 Thiết kế trực giao loại bỏ nguy cơ biến dạng hướng như mất chi tiết ảnh mặt cắt, dịch chuyển trường nhìn trong quá trình chụp ảnh chuỗi mặt cắt, những hạn chế này không thể tránh khỏi bởi các hệ thống FIB-SEM thông thường. Hình ảnh chất lượng cao chụp bởi NX9000 hỗ trợ hiệu quả quá trình phân tích cấu trúc 3D chính xác. Các kỹ thuật hiển vi quang học cũng có thể dễ dàng áp dụng do bề mặt cắt có độ phẳng tương đồng.